
La medicina en la época colonial, estaba relacionada como una actividad para plebeyos, propia de personas mulatas y de estratos socio-económicos no pertenecientes a la élite de ese entonces. Las profesiones que mas resaltaban eran los doctorados en Cánones, Derecho y Teología. A los médicos se les conocía como Físicos y tenían una categoría intermedia entre los barberos sacamuelas y los sangradores.
Por mucho tiempo se busco la manera de incluir a la Medicina entre las carreras universitarias, así es como se incluyó en la Universidad de San Fulgencio en 1603, pero, sin embargo, no se registra ni un sólo graduado en ella. En 1620, los jesuitas deciden fundar la Universidad de San Gregorio Magno, pero no consiguen crear la cátedra de Medicina.
Por las incansables gestiones de los dominicos; Fr. Ignacio Quesada y Fr. Jerónimo Cevallos, logran conseguir un Breve Pontificio del Papa Inocencio XI, en 1682, documento que les autoriza la fundación de una Universidad en la Villa de Quito con el nombre de Santo Tomás de Aquino, pero debido a un conflicto de intereses con los jesuitas, apenas en 1688 se pudo hacer efectiva la fundación y el 13 de abril de 1693 se establece la cátedra de Medicina.
A partir de 1800 se culminaba la carrera en cuatro años de estudios, para obtener el titulo de Doctor. Los textos utilizados en ese entonces:
- Primer año: Boherhave con comentarios de Haller.
- Segundo año: cognoscendis et curandis moribus de Valles.
- Tercer año: Los Aforismos de Piquer.
- Cuarto año: El libro, Opúsculo de Astrología en Medicina de Juan de Figueroa, Lima, 1660.
Además, los estudiantes estaban obligados a asistir todos los días al hospital «para aprender a conocer el pulso».
En un inicio, la profesión no era bien remunerada y, más que nada, tenía carácter de humanitaria. En los primeros años del siglo XIX se tiene la siguiente tabla de honorarios; visita a personas ricas, cuatro reales; después de media noche un peso; fuera de la ciudad, dos pesos; por cada junta médica, tres pesos; por un día entero de asistencia en el campo, seis pesos; por una operación de cirugía, dos pesos y por tres operaciones cuatro pesos.Las parteras cobraban cinco pesos por asistir a mujeres de clase alta y dos pesos para asistir a las de medio pelo o esclavas.

Los tratamientos para distintas enfermedades se preparaban utilizando vegetales en polvo, aceites, gomas, extractos, jarabes, tinturas, aguas y bálsamos. Se utilizaban minerales, los cuales tenían una denominación un tanto curios, tales como; azogue, albayalde, piedra infernal, antimonio, vitriolo, litargirio de oro, sal de Saturno, para elaborar infinidad de preparados.
De los animales se extraía la grasa para los ungüentos, emplastos, o también se hacían aplicaciones directas de sanguijuelas y cantáridas. Junto a remedios en los que se ponía en práctica principios «científicos» se puede encontrar otros de carácter empírico como los polvos de cuerno de Unicornio, la uña de la Gran Bestia, los colmillos de cocodrilo, la piedra de Benzaar, etc.
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